水稻在粮食作物中的地位不可动摇,世界各大洲都有水稻的种植。随着生活水平不断提高,城镇化建设持续推进,加上沙漠化、盐碱化等自然因素,耕地面积的不断减少,粮食安全日趋严峻。因此,提高水稻产量、确保高产稳产、改善稻米品质是水稻育种中不变的课题。种质资源和骨干亲本是育种的基础,发掘种质资源有利性状,提高种质资源利用效率,是创制突破性杂交水稻新品种的前提。西南稻区具有独特的高温、高湿、寡日照的气候条件和复杂的地理生态条件,种质资源丰富。四川、重庆、贵州等省市的农业科研实力雄厚,多年来在重穗型杂交稻理论的指导下,创制了大量的高光效、强优势、高品质杂交水稻亲本,培育出上千个杂交水稻新品种通过全国各级审定。为进一步提升西南稻区强优势杂交稻育种水平和效率,对西南稻区现有种质资源和骨干亲本进行全面系统的收集、鉴定和评价十分必要。本文对来自于西南稻区（四川、重庆、贵州）的65份优异不育系骨干亲本进行了收集、种植和性状考察,并通过全基因组测序对其进行遗传多样性分析,划分出遗传类型,同时对11个稻瘟病抗性基因在这些骨干亲本中的分布情况进行了检测。为进一步优化亲本选配方案、提高种质资源利用效率奠定了基础。取得的主要结果如下:1、对65份不育系材料进行了收集、种植和主要农艺性状调查,对目标材料的生物学特征特性进行了整体评价和把控;2、完成了65份不育系材料的全基因组测序,获得了目标亲本的全基因组数据;3、通过基因组数据比对,计算出了各个亲本间的变异系数,并利用SPSS在线软件,从基因组层面对65个亲本材料进行了系统聚类分析,获得了这65份材料的聚类图谱;4、将西南稻区目前选育的杂交水稻不育系划分为5个遗传类群,通过对遗传类群内个亲本的系谱分析,确定了各遗传类群的代表品种和核心骨干亲本;5、从遗传类群的特点来看:西南稻区杂交水稻不育系亲缘关系普遍较近,不育系选育骨干亲本集中在D62A、G46A、Ⅱ-32A、金23A、宜香1A、中九A等,通过引入具有部分优良性状（如香味、抗性、粒型等）的材料对骨干亲本进行局部改良,缺乏突破性创新;不育系类群划分呈现明显的区域集中和单位集中的特点,很少出现不同单位选育的不育系聚类在一起或同一单位选育的不育系聚类到不同遗传类群的情况。说明不同生态区和科研单位间资源材料交流不够频繁,资源利用率较低。6、利用11个稻瘟病抗性基因的功能标记,检测了这11个稻瘟病抗性基因在65份亲本材料中的分布情况。结果表明,大多数不育系中均含有多个抗性基因位点。除Pi2广泛分布于65份不育系外,其余10个稻瘟病抗性基因按不同比例分布,45%不育系中存在Pi1,57%不育系中存在Pigm,45%不育系中存在Pikm,40%不育系中存在Pikh,28%不育系中存在Pib,26%不育系中存在Pi9和Piz,18%不育系中存在Pita,而Pia和Pid2在这些不育系中分布较少,分别为11%和8%。