党的十八届三中全会在《全面深化改革若干重大问题的决定》中指出，“鼓励农村土地承包经营权在公开市场上向农业专业大户、家庭农场、合作社、农业企业流转，发展多种形式农地规模经营和机械化作业”。可以看出，农地流转是加快中国经济体制改革、促进城镇化建设、解决“三农’问题的重要方式，是提高农地产出绩效的有效途径。新疆是全国重要的产棉大区，对农地的规模经营、机械化作业的要求更高，而当前研究新疆棉区农地流转的文章却相对较少，本文着力于新疆玛纳斯县棉区农地流转绩效的影响因素分析，深入研究农地流转的影响因素、绩效的影响因素以及农地流转与绩效之间的关系。首先通过规范性理论分析研究农地流转影响因素及绩效，分别从农户个体特征、农地资源禀赋、农地流转市场发育程度三个方面研究农地流转的影响因素；其次通过描述分析玛纳斯县棉区农地流转情况，并比较分析新疆天山北坡三县（玛纳斯、鄯善、精河）农地流转情况，对新疆玛纳斯县棉区农地流转绩效的影响因素有了一个宏观的概述。最后运用玛纳斯县369户农地流转情况调查所得数据，建立结构方程模型（SEM），综合实证分析玛纳斯县棉区农地流转绩效的影响因素，使用SPSS21.0和AMOS21.0软件分析模型，得出结论。研究结论表明：农户个体特征对棉区农地流转存在正向影响，影响的标准化路径系数为0.62；农地资源禀赋对棉区农地流转存在正的影响，影响的标准化路径系数为0.79；市场发育程度对棉区农地流转存在正的影响，影响的标准化路径系数为0.69。棉区农地流转的综合因素对经济绩效存在正的影响，影响的标准化路径系数为0.64。户主年龄是农户个体特征的最重要影响因素，农户对农业社会化服务满意度是农地资源禀赋的最重要影响因素，农地流转去向是农地流转市场发育程度的最重要影响因素。最后，文章根据定性和定量分析的结果，结合玛纳斯县调查农户的实际情况，提出了促进棉区农地流转、提高农地绩效的政策建议。