加快发展高技术产业是解决我国经济发展面临的深层次问题、转变经济发展方式、进一步提高综合国力的必然要求,而提升技术创新能力、提高技术创新效率是推进高技术产业发展的重要保障。进入21世纪以来,我国的高技术产业发展迅速,并初步形成了长江三角洲、珠江三角洲、京津冀地区等各具特色的高技术产业开发地带。作为京津冀和长三角高技术产业开发带的核心城市,北京市和上海市均拥有总体发展水平和技术创新水平较高的高技术产业,但两市在高技术产业增加值率方面的不同表现反映出两市高技术产业的技术创新效率存在着一定差异。因而本文试图对两市高技术产业的技术创新效率进行评价,探究影响两市高技术产业技术创新效率的因素,并提出相关政策建议,从而为政府及其他创新主体的政策制定提供一定的参考。本文以技术创新理论和区域创新系统理论为基础,首先对北京市和上海市的高技术产业发展现状进行简要分析,并初步比较了两市高技术产业技术创新的投入产出水平。随后文章着重运用DEA-Tobit模型对2003-2012年京沪地区高技术产业的总体及内部各行业的技术创新效率进行评价,并识别了技术创新效率的影响因素。实证结果显示：2003-2005年间,上海市高技术产业的技术创新综合效率显著高于北京市,而2006-2012年间,北京市高技术产业的技术创新综合效率赶超上海市。行业技术创新效率的变化情况也印证并解释了总体创新效率的变化趋势：2003-2005年上海市高技术产业内部各行业的技术创新效率平均水平高于北京市；自2006年开始,北京市高技术产业内部各行业的技术创新效率呈波动上升趋势,除航空、航天器及设备制造业外其余四大行业的技术创新效率均逐渐超过上海市。影响因素的回归结果则显示：企业与高校及科研院所之间的互动、市场环境及上一期的技术创新效率均会对当期的技术创新效率产生显著影响。