沙门氏菌是一种重要的食源性病原菌,可通过消化道直接或间接传播,给养殖业造成严重的经济损失。然而,有关新疆不同地区动物源分离的沙门氏菌对临床常用抗菌药物的耐药及MLST分型情况鲜见报道,本试验通过调查新疆不同地区不同动物源沙门氏菌对临床常用抗菌药物耐药情况及其携带相关耐药基因情况,采用MLST方法了解沙门氏菌耐药菌株与敏感菌株之间的亲缘关系,分析可能存在的耐药传播机制,为指导临床用药及防止耐药菌株暴发提供数据支撑。在新疆不同地区对不同动物进行样品采集,从2165份样品中分离鉴定出沙门氏菌654株,采用琼脂稀释法对其进行13种抗菌药物的最小抑菌浓度测定。结果显示:（1）乌鲁木齐市宠物源沙门氏菌对诺氟沙星、恩诺沙星、环丙沙星、氨苄西林、阿莫西林、卡那霉素、四环素和氟苯尼考的耐药率均高达97.0%以上,其多药耐药以8耐（97.4%）为主;（2）昌吉地区猪源沙门氏菌对阿莫西林（68.4%）、氨苄西林（63.2%）和氟苯尼考（63.2%）的耐药率最高,在0耐-8耐均有分布;（3）焉耆地区牛源沙门氏菌对氨苄西林、卡那霉素以及氟苯尼考这3种抗菌药物的耐药率在50.0%以上,以7耐（33.3%）为主;猪源沙门氏菌对四环素的耐药率高于本地区其他动物源菌,在0耐-7耐均有分布;（4）伊犁地区不同动物源沙门氏菌对被检的13种抗菌药物的敏感率在90.0%以上。通过PCR方法对PMQR因子、β-内酰胺酶、氨基糖苷类、四环素类、酰胺醇类和多肽类的23个相关耐药基因进行检测。结果显示:（1）乌鲁木齐市宠物源沙门氏菌中bla _TEM、bla _OXA、qnr S、oqx A、oqx B、aac（6’）-Ib-cr、ant（3"）-Ia和flo R基因的检出率高达97.4%,aad A2和tet B的检出率分别为74.4%和100.0%,其中有27株（69.2%）沙门氏菌同时携带bla _TEM+bla _OXA+qnr S+oqx A+oqx B+aac（6’）-Ib-cr+aad A2+ant（3"）-Ia+tet B+flo R耐药基因;（2）昌吉地区猪源沙门氏菌中bla _TEM（57.9%）、qnr S（47.4%）、ant（3"）-Ia（52.6%）、aad A2（42.1%）、tet A（63.2%）、tet B（47.4%）和flo R（68.4%）基因的检出率较高,有13种耐药基因共存类型;（3）焉耆地区牛源沙门氏菌和羊源沙门氏菌中bla _TEM、bla _OXA、oqx A、oqx B、aac（6’）-Ib-cr、ant（3"）-Ia、aad A2和tet B基因的携带率高于鸡源和猪源沙门氏菌,但bla _CMY-2、qnr B、qnr S和tet A这4种耐药基因仅在猪源中检出;（4）伊犁地区不同动物源沙门氏菌中未检出被检耐药基因。从新疆不同地区不同动物源沙门氏菌中挑选耐药菌（17株）和敏感菌（4株）共21株,对其进行MLST分析,结果显示:不同地区和不同来源的多重耐药菌株的ST型主要为ST34,焉耆地区敏感菌株的ST型为ST367,伊犁地区菌株（不携带被检耐药基因）的ST型为ST22,通过进化树分析之间的亲缘关系,推测新疆不同地区不同动物源沙门氏菌耐药菌株间存在克隆传播的机制。新疆乌鲁木齐市宠物源、昌吉猪源、焉耆地区不同动物源沙门氏菌耐药情况严重,且不同动物源的多耐谱型各不相同;除伊犁地区外,其他地区不同动物源沙门氏菌均存在β-内酰胺酶、PMQR因子、氨基糖苷类、四环素类以及酰胺醇类这5类相关耐药基因共存现象。MLST结果提示新疆不同地区不同动物源耐药沙门氏菌中存在克隆传播的耐药机制。