木薯淀粉合成酶MeSSⅢ基因的克隆及突变体创制

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木薯(Manihot esculenta Crantz)是一种含淀粉的块根作物,其淀粉可广泛应用于食品、饲料和工业等。淀粉分为直链淀粉和支链淀粉,它们生物合成不仅涉及复合葡聚糖的组装,而且还涉及淀粉颗粒的排列,合成直链淀粉和支链淀粉。淀粉合成途径主要涉及几种酶:ADP-葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase),淀粉合成酶(SS),淀粉分支酶(SBE)和淀粉脱支酶(DBE)。淀粉合成酶在淀粉合成途径中起着至关重要的作用,可以参与直链淀粉中长葡聚糖链的延伸,也可以参与支链淀粉的线性链合成。解析木薯淀粉合成酶MeSSⅢ调控木薯淀粉合成的机制,将为改良木薯淀粉品质,扩展其工业应用奠定理论基础。本研究从SC8木薯基因组中克隆出淀粉合成酶Ⅲ的两个同源基因MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2,分析了它们的核苷酸序列、蛋白序列、基因结构,构建了系统进化树,并利用转录组数据分析了MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2的表达特性,最后利用CRISPR/Cas9系统创制MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2基因双突变的木薯,初步分析了双突变体的表型变化和叶片淀粉、直链淀粉变化。主要研究结果如下:1.从SC8木薯中克隆了MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2两个基因,将它们连接到T-Vector p MD 19载体。通过Sanger测序MeSSⅢ-1基因CDS区为3441 bp,编码1146个氨基酸;MeSSⅢ-2基因CDS区为3411 bp,编码1136个氨基酸序列。通过核苷酸序列比对分析发现,MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2基因CDS区的相似性为86.05%。将MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2基因翻译成蛋白序列进行分析发现,MeSSⅢ-1的大小为130.59 k D,等电点p I为7.13;MeSSⅢ-2的大小为129.18 k D,等电点p I为7.21;它们的蛋白质序列相似性为78.10%。基因结构分析发现MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2都具有16个外显子,15个内含子,第二个外显子最小,而第三个外显子最大。构建系统进化树分析发现,MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2两个蛋白的同源关系最近,且克隆获得的MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2能够编码淀粉合成酶Ⅲ。2.在木薯源库器官中的表达量分析发现,MeSSⅢ-1在各器官的表达量远高于MeSSⅢ-2。比较不同器官中的表达量发现,MeSSⅢ-1在叶片中的表达量最高,其次为块根和茎,须根中的表达量最低;MeSSⅢ-2同样是在叶片中高表达,其次为茎,在块根和须根的表达量较低。木薯块根发育不同时期的表达量分析,发现MeSSⅢ-1在块根发育早期、中期、后期的表达量远高于MeSSⅢ-2。MeSSⅢ-1在块根发育早期的表达量最高,随着块根发育降低;而MeSSⅢ-2在不同时期的表达量均处于低水平。3.本研究利用CRISPR/Cas9基因编辑系统成功构建同时靶向MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2的基因编辑载体,转化木薯脆性胚性愈伤组织,获得了14株再生抗性苗;进一步PCR检测发现有5个再生抗性植株有基因编辑载体的T-DNA成功插入(分别命名再生抗性植株#1,#2,#3,#4,#5);通过测序发现仅仅1个再生抗性苗#1中的MeSSⅢ-1基因进行了编辑,而MeSSⅢ-2没有编辑。Hi-TOM高通量测序技术分析发现MeSSⅢ-1存在3种突变形式:缺失四个碱基AGAA的reads占比为37.24%,缺失一个碱基A的reads占比为16.02%;缺失两个碱基AA的reads占比为10.19%突变为;还有29.90%的reads没有发生突变。三种突变形式均可造成MeSSⅢ-1基因移码。4.将转基因阳性再生抗性植株#1进行继代扩繁,共获得9株(分别命名为#1-1-#1-9)。MeSSⅢ-1测序峰值图分析发现,所有扩繁后代的MeSSⅢ-1均发生了杂合突变,MeSSⅢ-2测序峰值图分析发现,#1-3、#1-9出现杂峰,表明发生了杂合突变,而其他株系未发生突变。5.双突变体#1-3、#1-9扩繁后的植株表型变化分析发现:MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2杂合突变体组培苗的叶型变细,叶面积减少,根系发育缓慢,根数目减少,根长变短。表明MeSSⅢ的部分缺失影响了木薯的生长。叶片淀粉升高,叶片直链淀粉降低的现象,说明MeSSⅢ的部分缺失影响了木薯叶片淀粉合成途径。后续我们将筛选MeSSⅢ-1和MeSSⅢ-2双突变的纯合突变体,并移栽田间分析其表型变化、淀粉产量、形态及理化性质变化情况。
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