当前,企业已成为我国研发投入的重要组成部分。但由于研发项目的高风险性和高成本性使得企业研发需要大量的资金投入,如若只靠企业或者市场机制自行运作的话,难免会遇到投资不足或市场失灵等窘境,这就势必需要政府补助加以支持。然而,这种方式能否带来有效的促进作用颇具争议。同时,若企业的负债水平过高,会使企业研发面临融资难、成本高等问题,进而造成企业进行研发的积极性不高或将政府补助挪作他用,最终影响到政府补助的效果。所以,负债水平是否会影响政府补助与研发投入的关系需要着重展开探讨。为了能够更客观地评价政府补助对研发投入的影响,本文选取了中小板和创业板上市公司2009-2016年的数据为样本,基于外部性理论和信号传递理论,对政府补助与研发投入之间的关系进行了分析和检验。同时,还基于权衡理论和代理成本理论进一步分析了负债水平对政府补助和研发投入之间的调节作用。此外,又按产权性质和地区差异对样本进行了分组研究,使文章更加细致和深入。通过分析主要可以得出以下几个结论:第一,政府补助与研发投入显著正相关,说明了政府增加对中小板和创业板上市公司的补助有利于企业增加研发投入;第二,企业的负债水平会抑制政府补助对研发投入的激励效果;第三,按产权分组来看,政府在民营企业中的补助具有更强激励研发投入的作用,且民营企业的负债水平对政府补助的激励效果抑制程度更强;第四,以地区作为观察维度,可以发现东部沿海地区的政府补助对研发投入的激励作用更强,企业的负债水平对政府补助激励效果的抑制作用也更强。根据研究结论,从政府和企业两个角度提出意见。从政府的角度来看:第一,应完善知识产权保护制度,规范研发信息披露;第二,应监督补助资金用途,重点关注高负债水平企业;第三,应增加对民营企业、东部沿海地区的补助。从企业的角度来看,应合理控制负债水平,充分利用政府补助。