众所周知，长江上游是世界鱼类多样性保护焦点地区之一。但是其水系结构受到近现代人类活动的显著改变，尤其是梯级水电开发不仅直接改变了区域的鱼类种类组成与资源数量，更对其种群赖以延续的遗传多样性产生不利影响。我国近几十年中在长江上游干支流兴建了大量的水电站，已经形成了大量的梯级水库群。随着梯级电站数目的不断增加，这种不利的影响必将越来越显著。本研究以长江上游（四川宜宾至湖北宜昌江段）为研究对象，结合一般梯级水电工程的特点，首先分析了三峡大坝、葛洲坝及金沙江各梯级水电工程的建设和运用对水生生境各重要生态因子的影响；然后分析了该水域鱼类的生物学特点及其区系组成、资源数量和遗传多样性等变化，并结合梯级水电工程对水生生境各因子的影响，进一步剖析了鱼类对工程运用的响应。其研究结论如下：（1）梯级水电开发对长江上游鱼类生境产生重大影响。工程建设导致部分河道的河床底质甚至地形发生改变，大量混凝土、废渣、废水、生活污水形成河流污染，大量人工入驻导致加剧了人类的破坏活动和消费需求。梯级工程蓄水运行后，江段被分割为“河流-水库（大坝）-河流”形式，天然状态河流的连续性受到破坏。库区水域生境将由河流型向湖泊型转变，坝下部分或者大部分天然河道受到破坏。库区和坝下江段的水文情势都将发生很大的变化，主要体现在径流量、水位、流速、水质、泥沙和温度等因素的改变。（2）梯级水电开发对鱼类的区系组成变动、资源数量变化、遗传多样性变化、遗传分化及生活史对策产生重要影响；同时，鱼类对梯级水电开发产生响应。（3）最后，本研究根据以上结果针对性地对长江上游鱼类的保护和修复措施进行了讨论，并重点讨论了适当限制和严格管理小水电开发、长江流域过鱼设施问题、加强渔业管理等方面。