随着我国住房体制改革的深化，逐步建立起完善的房地产市场体系，城市住房体系建设的投资与规模不断扩大，我国广大城市居民的居住条件有了巨大的改善，人均住房面积从2002年的24.5m2增加到2012年的32.9m2。但同时我国住房市场也面临着商品房市场供求不平衡，高房价与收入的差距让普通民众望楼兴叹；保障房建设过程中出现了土地、资金等资源短缺，分配、退出、管理机制不完善带来的住房保障可持续发展问题。住房保障政策的出台和保障房的建设本应是平衡住房市场供需的有力杠杆和满足城镇低收入及中低收入家庭住房需求的工具，现实却成为政府公益性建设的沉重包袱。住房市场何以出现两类市场发展冰火两重天的矛盾现象；保障房供给和商品住房之间的相互影响的关系能否转为有效互动进而解决住房市场供需不平衡的矛盾；最终在协调发展中构建完善的住房市场环境使住房需求者有能力由市场解决住房需求问题。因此，从发展经济和调节居民住房供需的角度，既要平稳发展商品住房市场，保证推动国民经济发展引擎的正常运作，又要扩大住房保障政策的惠及面让更多的城镇普通收入居民住有所居。住房市场中的保障房和商品住房就需要在一个互动影响关系下良性循环，将社会效用发挥到最大。本文正是在这样的背景下，首先对我国住房市场的发展历程进行了梳理，并对现阶段的住房供应结构分析后得出住房市场出现的问题，为下一步研究工作的目的指明了方向；接着用供需原理和格兰杰因果检验的方法发现长远来看商品住房与保障房存在住房过滤效应，而各类型保障房与商品住房的互动机理分别为：租赁型保障房对商品住房影响时间短且作用较小，产权型保障房同时影响供给和需求情况下通过实证表明对需求的影响高于供给，对调控商品住房市场具有积极作用。最后在互动关系研究的基础上以系统理论将保障房和商品住房市场视作两个系统探讨二者的耦合关系，并对二者的协调发展关系提出相关建议。