经济全球化使国内越来越多的专用设备制造企业面临客户订单需求个性化、多样化、定制化的挑战,随着“中国制造2025”战略的深度实施,越来越多企业通过智能制造技术,采用专用柔性工装夹具和工业机器人,引入工业物联网、人工智能算法等,对生产车间进行软硬件升级,以适应越来越激烈的国际竞争。在实际生产过程中,具有相似结构的产品,其零部件的加工工艺往往存在区别,对此,多品种小批量生产模式的企业,采用将工艺路径相似的工件分配到具有柔性生产能力的加工装配线上进行加工,再按照产品装配BOM要求在其他独立的装配生产线上的进行装配的两阶段生产模式,有助于企业提高生产效率。将两阶段加工装配线视为推式生产,则两阶段之间物料的协调供给很重要,因此,采用算法对具有跨工位属性的加工阶段和具有特定物料约束的装配阶段进行协同调度对于企业缩短整个生产系统的生产时间,提高企业对订单的响应速度,提高客户满意度,减少在制品成本很重要。本文在现有加工装配线调度理论的基础上,结合车间生产实际,提出了跨工位两阶段加工装配线调度问题,分析了该问题的特点,对该问题进行了分类并进行了约束理论的论证,并对其子问题,包括两阶段加工装配线调度问题、跨工位流水线调度问题、非置换流水线问题进行了研究。针对最小化最大完工时间的优化目标,结合加工阶段的跨工位特点,考虑装配阶段需要减少空闲时间浪费等约束条件,对该问题建立了混合整数规划模型,并通过Lingo软件验证了模型的有效性。针对不同规模问题的调度方案提出改进的局部搜索算法进行求解,首先将两个生产阶段视为两机,并用Johnson算法产生可行初始解,再通过启发式变邻域搜索算法（HVNS）,以最大完工时间为目标值,求解该调度问题的置换解序列;在HVNS算法的基础上,进一步提出改进的变邻域禁忌搜索算法（TS-IHVNS）,该算法对跨工位工件采取不变换策略以缩减解空间,同时对非置换解序列也进行了搜索,并在搜索过程中改变邻域变换规则,使得结果更逼近最优解。接着通过仿真实验对两种算法在不同问题规模下的表现进行了分析,验证了改进后的TS-IHVNS算法在求解效率和解质量上的优越性。最后,将本文所提算法应用于企业订单的调度研究中,减少了企业订单完成时间,提高了企业生产效率。