NFRKB的端粒相关功能与机制研究

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目的:鉴定新的端粒结合蛋白,探索调控端粒的新机制。在本研究中,我们发现NFRKB(Nuclear Factor Related to Kappa B Binding Protein)是一种新的端粒相关蛋白,并初步探究其端粒相关的生理功能,探究其在正常及肿瘤细胞和组织中的表达差异和潜在功能。方法:1.发现和鉴定NFRKB为一种端粒结合蛋白:用生物信息学方法,分析了200多种核蛋白质的Ch IP-Seq数据,根据序列中端粒DNA的相对含量来判断这些蛋白结合端粒的能力;采用免疫荧光-荧光原位杂交实验(IF-FISH)及DNA共沉淀(pull down)实验验证NFRKB是否为端粒结合蛋白。2.探究NFRKB与端粒结合的可能结构域:构建NFRKB片段缺失的一系列重组表达质粒,外源性表达NFRKB结构域突变蛋白后通过IF-FISH实验寻找NFRKB与端粒结合的相关结构域。3.探究的与端粒相关生理功能:用IF-FISH技术检测敲低NFRKB前后DNA损伤标志物γ-H2AX与端粒DNA的共定位情况的变化,来检测NFRKB是否参与了端粒的保护。4.NFRKB的癌症相关功能研究:采用WB和qRT-PCR来检测靶基因在不同细胞系与组织中的表达,采用整体生存率分析来评估基因表达与肝癌患者生存时间之间的关系,免疫组化(IHC)用于检测NFRKB在肝癌组织中的分布。结果:1.通过生物信息学分析,我们首次发现NFRKB抗体能免疫共沉淀(IP)大量的端粒串联重复序列,提示NFRKB可能是一种新的端粒结合蛋白质。2.通过IF-FISH实验,发现在U2OS细胞(ALT细胞)中,内源性与外源性NFRKB均与端粒存在共定位信号,DNA pull down实验结果提示NFRKB与端粒DNA存在结合,进一步确定NFRKB是一种端粒结合蛋白。3.IF-FISH实验表明NFRKB的N端和中段某些氨基酸缺失时,NFRKB与端粒的共定位减少,提示这些区域可能与NFRKB与端粒DNA的结合作用相关。4.NFRKB参与了ALT细胞的端粒保护。与对照组相比,敲低NFRKB基因显著提高了U2OS细胞中端粒DNA发生损伤的比例,说明NFRKB可能参与端粒DNA的保护。5.NFRKB与肝癌相关。NFRKB在多种人类肿瘤细胞系中均有表达,且在正常小鼠肝脏中的相对表达量较高;我们也发现NFRKB在肝癌组织与癌旁组织中的表达有显著差异,通过生存曲线分析发现高表达该基因的患者整体生存时间短,提示其可能是一种肝癌相关基因。结论1.NFRKB是一种新的端粒相关蛋白,参与了ALT细胞的端粒保护。2.NFRKB可能与肝癌的发生发展相关。
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