目前我国正处于突发公共卫生事件的爆发期,由于突发公共卫生事件的突然性、迅速性和快速蔓延等特点,对我国人民的生命健康安全和经济政治社会的发展都造成了巨大的威胁和严重的危害,更对国家社会治理和执政能力提出了重大的挑战。这次新冠肺炎疫情的专项资金审计极为特殊,环境更加复杂,需要考虑的外部因素更多,受关注程度更高,所以挑战更大。同时新冠肺炎疫情作为突发公共卫生事件,其防控专项资金作为审计的重点,面临的难度更大。审计部门要揭露和查处重大违法或者非常不规范的问题,密切注意保护救灾经费安全和政府在调查救助工作中所存在的薄弱环节和潜在的风险。合理运用专项资金,对专项资金进行有效监督可以助力突发公共卫生事件的解决,恢复经济,维护财经法纪和公共卫生建设及社会秩序。本文以突发公共卫生事件的专项资金审计作为研究切入点,详细地梳理了关于专项资金的审计和突发公共卫生事件的国内外相关参考文献,阐述了专项资金审计的基本理论,运用了规范研究法、文献研究法和案例分析法,在对审计基本理论进行研究的基础上,明确了专项资金审计的内容、目标,再通过对突发公共卫生事件专项资金审计的内容、必要性、影响因素进行了分析。最后结合Y市新冠肺炎疫情防控专项资金审计案例,重点阐述了Y市新冠肺炎疫情防控专项资金审计实施流程、存在的问题,探寻影响审计效果的具体成因:审计力量供给不畅、审计信息沟通机制闭塞、专项资金审计基础薄弱和缺乏跟踪审计意识,通过对Y市的案例分析得出案例启示。最后,针对Y市完善突发公共卫生事件专项资金审计提出了相应的策略。突发公共卫生事件专项资金审计要求应急能力非常高,需要将医学卫生等其它相关领域的工作经验与审计工作相结合,再探讨我国突发公共卫生的专项资金审计,从审计目标准备阶段到后续分配任务阶段的专项资金审计流程体系。在一定程度上丰富和完善我国突发公共卫生事件专项资金审计经验理论,最终可得出结论,突发公共卫生事件专项资金审计是对突发公共卫生事件进行有效防控、解决的强力武器,能够有效地提高专项资金使用效果,提升审计效率,降低审计风险。