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本文试图对四川抗菌素工业研究所现行运行机制中存在的突出问题以及改革的难点进行经济学分析，并对川抗所机制创新提出初步对策。主要内容为： 1)从组织、技术、人力、资金等方面分析制约川抗所新药(特别是创制药)研究开发难以取得重大突破，整体实力难以进一步增强的原因； 2)结合国家有关深化科技体制改革的方针，通过与发达国家的药物研发机制的比较分析，就川抗所科研体制改革和研发机制创新提出建议； 3)通过探讨建立适合川抗所发展的新机制，为推进国有研究院所转制，深化科技体制改革提供实际的参考意见。