新中国成立尤其是改革开放以来,中国医药制造业持续快速发展,建成了独立完整的产业体系,有力推动医药工业现代化进程,显著增强综合国力,支撑中国世界大国地位。然而,与世界先进水平相比,中国医药制造业仍然大而不强,在自主创新能力、资源利用效率、产业结构水平、信息化程度、质量效益等方面差距明显。面对全球新一轮科技革命与产业变革的重大机遇和挑战,加快实施创新驱动发展战略,促进中国医药制造业转型升级,实现跨越发展迫在眉睫。为给中国医药制造业实现转型升级和跨越发展提供科学依据,本文以2009-2014年中国大陆地区28省(自治区、直辖市)(不包括青海、新疆和西藏)作为研究对象,运用基于DEA-BCC模型——SFA回归模型——DEA-BCC模型和Malmquist指数模型理论的三阶段DEA方法,对建立的中国医药制造业技术创新效率“三投入、二产出、四环境”评价指标体系进行静态和动态评价,比较研究三阶段DEA方法与经典DEA方法对中国医药制造业技术创新效率省域比较研究的适用性,比较研究中国28省(自治区、直辖市)医药制造业技术创新效率变化规律,提出促进中国医药制造业创新发展的对策及建议。通过开展基于Spearman相关性分析的三阶段DEA方法与经典DEA方法适用性比较研究,证明本文采用的三阶段DEA方法因有效滤除了环境和随机因素的干扰,更适合中国医药制造业技术创新效率省域比较研究。通过开展基于Malmquist指数的中国医药制造业技术创新效率动态研究,表明2009-2014年中国医药制造业技术创新效率在技术进步和技术创新投入持续加大的共同作用下实现了年均约3.4倍的超高速增长,中国医药制造业已经进入创新发展的黄金时期。其中,国家“重大新药创制”科技重大专项的顺利实施对产业创新发展起到了巨大的推动作用。因此,中国必须抢抓机遇,乘势而上,继续加大对中国医药制造业技术创新的支持力度,建立技术创新市场导向机制,更多运用财政后补助、间接投入等方式强化普惠性政策支持,加快培育和发展医药制造业,进一步推进产业结构升级和经济发展方式转变,为全面建设小康社会、实现可持续发展做出新的贡献。通过开展基于DEA-BCC模型的中国医药制造业技术创新效率静态研究,表明科技管理水平落后和技术创新资源配置不合理共同导致了 2009-2014年中国医药制造业技术创新效率的非有效配置。通过对中国医药制造业技术创新投入和产出指标的松弛变量省域比较分析,表明在产业技术创新效率相对较高的省域,技术创新投入普遍具有盲目性,缺乏对创新资源的科学配置;在产业技术创新效率相对较低的省域,从事技术创新的人力和智力资本质量较低,技术创新能力较差,无法满足产业创新发展需要;在全国范围内,普遍存在过度重视非专利药(仿制药)研发、忽视自主创新药物(原研药)研发的现象,即产业普遍存在自主创新投入不足。因此,中国必须把技术创新摆在医药制造业发展的核心位置,加快实施创新驱动发展战略,发挥市场在资源配置中的决定性作用,努力实施供给侧结构性改革,优化资源配置;统筹推进科技体制改革,统筹推进科技、管理、品牌、组织、商业模式创新,实现技术创新、制度创新的有机统一和协同发展;建立健全科研人才到企业开展创新工作或创办企业的激励机制,积极引入“互联网+”概念,破除一切制约技术创新的思想障碍和制度藩篱;大力开展自主创新研究,增强企业原生动力,增加企业自身核心竞争力,实现中国医药制造业跨越发展,为顺利实现“两个一百年”奋斗目标而努力奋斗。