2007年颁布实施的《中华人民共和国农民专业合作社法》第二条规定:“农民专业合作社是在农村家庭承包经营基础上,同类农产品的生产经营者或者同类农业生产经营服务的提供者、利用者,自愿联合、民主管理的互助性经济组织”。农民专业合作社遵循自愿和开放的成员资格、民主成员控制、社员经济参与、独立和自主、教育、培训和信息、合作社之间的合作和关心社区等原则。农民专业合作社的治理是一种双重治理结构,它既是一个社会团体,也是一个商事企业,在不同的文化传统中,人们对合作社的旨趣追求有微妙的差异。我国农民专业合作社追求的是农民专业合作社的合法、合意和有效三大治理目标。本论文运用定性研究和定量研究相结合、逻辑和历史相统一、归纳和演绎相结合的方法,从空间维度对现在农民专业合作社治理的理论指导、制度基础和社会背景进行总结,对农民专业合作社治理的现实约束进行分析;从主体维度对农民专业合作社的社员素质进行分析,社员是农民专业合作社的主体,由于其在合作社中的角色、视角不同而产生不同的心理感受,加之社员的文化素质、民主意识的缺乏,产生了合作社的搭便车问题、认同问题、精英俘获、信任等问题,针对此些问题提出了对策;从制度环境来讲,农民专业合作社面临其内部制度、法律规范、外部制度的约束,在农业发展中,有一种朴素的说法:“一靠政策,二靠科技,三靠投入”,制度本身虽然不是农业资源,但是它能够使资源进行不同的组合,为资源配置提供环境、从而产生不同的成本和绩效。所以对制度特别是上升为政策的制度关注能够为合作社治理的发展提供适宜的环境,针对内外部制度运行及其法律的不规范,指出导致中国农民专业合作社产生的问题,并提出完善的措施。中国农民专业合作社的治理是以马克思主义合作经济思想为理论指导,文章对农民合作经济的制度条件、组织原则、组织形式、实现过程、分配方式和组织目标进行论述,并阐述了这些理论对中国农民专业合作社治理的组织形式、融资渠道、管理机制、决策机制、分配机制和监督机制的理论指导作用。中国农民专业合作社治理是以中国农民合作社的治理实践为基础的。文章对中国农民专业合作社治理实践的历史进行了简要回顾,并具体解剖了各个时期的治理结构及其治理绩效,为新型农民专业合作社提供了历史实践经验。中国农民专业合作社治理改进也存在着现实约束,主要包括国家行政行为的制度嵌入、市场经济的经济嵌入、农产品供应链管理的管理嵌入以及乡土文化的文化嵌入所造成的一系列农民专业合作社治理困境。影响中国农民专业合作社治理改进的因素包括成员素质、法律规制、内部治理机制及其外部环境。文章通过对上述因素形成的治理困境进行一一剖析,提出具有针对性的中国农民合作社治理改进对策。需要指出的是,由于我国的农民专业合作社发展起步较晚,所以出现各种各样的问题,但是随着未来合作社社员素质的提升、农民专业合作社相关法律的完善、农民专业合作社内部治理机制及其外部治理环境的不断规范,一定能够实现其组织的合意性和合目的性。当然对于国外的先进经验,我们应该秉承“万物并育而不相害,道并行而不相悖”的信念,吸收和借鉴国外先进经验,使其成为中国农村带动经济发展,提高农民生活水平和社会公共服务化体系的经济互助组织。