墨西哥胡亚雷斯自由派政府与美国的关系在墨美关系史上占有重要地位，这一时期对墨美关系来说是过渡期，期间胡亚雷斯政府扭转了此前墨美两国的敌对关系，建立并发展了墨美两国的友好关系。墨西哥改革战争（1858-1861）以及法、英、西三国干涉墨西哥(1861-1867）这两个时期，对紧张了许久的墨美关系取得了重大突破，两国逐步由原来的紧张冲突向友好合作迈进。在这两个时期，两国互帮互助。美国方面主要表现在：一是美国坚守合法政府原则，始终坚持在外交上承认胡亚雷斯自由派政府，二是在墨西哥改革战争和法国入侵时期美国对墨西哥自由派进行了军事、经济、外交等多方面的支援。墨西哥方面主要表现在：一是胡亚雷斯自由派政府在正式外交关系上始终不承认南部邦联。二是美国内战时期，墨西哥对美国共和党政府进行军事战略支持，胡亚雷斯政府授予美国联邦政府军队通过墨西哥管辖下的瓜伊马斯港口进入美国新墨西哥州和亚利桑那州的通行权，这步举措大大方便了美国进行军队调动。这一时期墨西哥胡亚雷斯自由派政府与美国建立并发展了友好关系，有着许多深刻的内外因素。对美国而言：一，门罗主义是形成两国友好关系的指导性因素；二，美法矛盾是促成美国对墨西哥胡亚雷斯自由派政府友好的重要原因；三，美国联邦与南部邦联相互的矛盾冲突促使美国联邦政府联合墨西哥孤立南部邦联。对墨西哥而言：一，地缘政治下墨西哥对美国的依赖性是形成两国友好关系的基本原因；二，胡亚雷斯政府要建立自由派领导的全国政权，需要美国的鼎立支持；三，法国干涉墨西哥时期要驱离法国侵略者、重新恢复共和政权，更需要美国相助；四，两国在执政理念和废除奴隶制等意识形态方面有着高度的一致性，而意识形态关系到国家的行动取向，所起到的作用是方向性的指导。这无疑会在一定程度上促使两国发展友好关系。这一时期所建立起来的墨美友好关系有着重大而深远的影响。在政治方面，这种友好关系对胡亚雷斯政府建立自由派主导的全国政权发挥了重要作用；对驱离入侵墨西哥的法国侵略者、恢复墨西哥国家领土主权的独立同样也发挥了重大而积极的作用；墨美的友好关系也在一定程度上维护了门罗主义，有助于美国排挤欧洲列强在美洲的势力，加强了美国对墨西哥等美洲国家的影响力和控制力。在经济方面，此后墨西哥经济严重依赖美国资本，并受到美国资本的控制，这与美墨两国的友好合作关系是分不开的。