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皱纹盘鲍(Haliotis discus hannai,下文简称为D)是我国重要的养殖鲍类,绿鲍(H.fulgens,下文简称为F)是从美国加利福尼亚引进的鲍类。2010年,皱纹盘鲍与绿鲍的种间杂交得以突破,而且DF和FD杂交F1在成活率、生长速度和高温耐性等性状上均表现出杂种优势,具有良好的应用前景。然而,皱纹盘鲍与绿鲍杂种鉴定的细胞遗传学方法仍然不稳定,重复序列的遗传特征研究尚未开展。因此,本研究拟对杂交鲍基因组原位杂交(Genome in situ hybridization,GISH)技术进行优化,并在此基础上分析皱纹盘鲍与绿鲍杂交F1的染色体组结构;对皱纹盘鲍与绿鲍亲本与正反杂交F1的45S rDNA片段(含ITS1-5.8S rDNA-ITS2)进行克隆、测序与序列比对分析,以及FISH(Fluorescence in situ hybridization)比较定位。主要研究结果如下:1、优化实验结果表明,杂交鲍GISH杂交缓冲液主要成分的适宜范围为:探针长度为250~500bp,探针的用量为62.5~125ng/10μL,封阻用鲑精DNA的用量为探针用量的10倍左右,杂交缓冲液中去离子甲酰胺的浓度为30%左右、硫酸葡聚糖(DS)或聚乙二醇(PEG)6000的浓度分别为12.5%~17.5%或7.5%左右。2、核型分析结果显示,DF和FD杂交F1均含有36条染色体,核型同为2n=22m+12sm+2st,NF=72。GISH结果分析显示,DF杂交F1细胞内含有一套父本染色体组和一套母本染色体组。3、45S rDNA片段(ITS1-5.8S rDNA-ITS2)序列比对分析结果显示,ITS1和ITS2区域共有26个SNP标记和12个InDel标记,其中16个SNP和10个InDel标记可以区别出皱纹盘鲍和绿鲍。DF和FD杂交F1序列均与母本高度相似。设计了特异扩增皱纹盘鲍或绿鲍特异ITS的引物。PCR分析结果显示,DF和FD杂交F1均含有二者特异的ITS。4、45S rDNA片段(ITS1-5.8S rDNA-ITS2)FISH结果显示,两亲本均有3对分布于染色体端部的45S rDNA基因簇,但是阳性信号的染色体略有差异:绿鲍3对均为m染色体,皱纹盘鲍包括2对m染色体和1对sm染色体。DF和FD杂交F1均有6个45S rDNA基因簇,都是分布于5条m染色体与1条sm染色体。综上所述,本研究系统优化了杂交鲍GISH杂交缓冲液主要成分浓度(用量)及其他参数,提高了GISH分析的可控性。然而,利用GISH分辨DF和FD亲本染色体的难度仍然远高于皱纹盘鲍与杂色鲍(H.diversicolor diversicolor)杂交F1.这一结果提示,地理分隔远的皱纹盘鲍与绿鲍基因组序列的同源性远远高于分布区域邻近的皱纹盘鲍与杂色鲍。45S rDNA ITS序列存在种间分化,杂种含有来自双亲的45S rDNA,但研究结果提示杂种45S rDNA可能具有母本偏向的特征。可见,4S rDNA ITS SNP或In Del标记的分型可用于鉴定待测材料的遗传组成,而且杂交F1的45S rDNA序列的母本偏向值得深入研究。