中国人群乙型肝炎病毒基因分型不同方法的比较&mmp-3基因5'端转录调控区rs102715950(5A/6A)单核苷酸多态性与食管鳞癌易感性的关系

来源 :中南民族大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:kms2006
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第一部分中国人群乙型肝炎病毒基因分型不同方法的比较  目的:将来自中国不同地区不同民族乙肝大三阳大学生的HBV进行基因分型并探讨不同方法对HBV基因分型的效果进行比较,建立较为客观精确的HBV基因分子分型方法。  方法:1.利用HBV-S区的型特异性及聚合酶链式反应-限制性酶切片断长度多态性(PCR-RFLP)进行基因分型。2.依据HBV-S区的型特异性及PCR扩增片段大小直接进行分型。3.通过对NCBI数据库中共计220个条目已确认B、C、D型的HBV-S基因DNA序列的同源性比对,构建一个以HBV的S区DNA序列分子进化树为基础的基因分型标准。对待检样品S区的PCR产物进行DNA测序,将测序结果与标准进化树的DNA序列进行比对并重新构建进化树而进行HBV基因分型。  结果:在总共216例乙肝大三阳中,第一种分型方法鉴定出:B型155例,C型41例,D型7例,尚有13例不能确定是C型还是D型。进一步经第二种分型方法确认其中10例未分型的均为C型,余三例不能确定是C型还是D型。经测序、比对及构建分子进化树,测序的30例中与PCR-RFLP分型结论大多相同,仅2例分型不一致。三种方法比较各有优缺点,酶切方法较为精细可以分到亚型,但该法的缺陷是不能区分C2型和D2型。根据PCR扩增片段大小直接分型方法较为快捷简便,但是引物自身特异性不高,分型不准确。将待检HBV-S基因DNA序列导入标准进化树的分型方法较为准确客观,该法是一个精确的HBV基因分子分型方法,可认为是HBV基因分子分型的“金标准”。  第二部分mmp-35端转录调控区rs102715950(5A/6A)单核苷酸多态性与食管鳞癌易感性的关系  目的:探究 mmp-3转录调控区 rs102715950(5A/6A)单核苷酸多态性与食管癌易感性的关系。  方法:本实验使用蛋白酶K法获得基因组DNA,然后用Nested PCR的方法获得目的基因片段,然后用Tth111Ⅰ酶进行酶切,聚丙烯酰胺凝胶电泳来检测酶切结果,最后用SPSS软件做 Logistic回归分析,探究 mmp-3基因-rs102715950(5A/6A)单核苷酸多态性与食管癌易感性的关系。本实验针对河南散发、河南正常、河南高发区、湖北散发、湖北正常五个人群进行基因分型。  结果:在mmp-3基因转录调控区 rs102715950(5A/6A)单核苷酸多态性上,暗示河南食管癌散发人群和河南高发人群没有显著性差异。河南食管癌散发人群和河南高发人群(即河南食管癌人群)与湖北食管癌散发人群在5A5A基因型与5A6A基因型有上显著性差异。这提示在食管癌的发病机制上,湖北散发人群与河南散发人群似有所不同。湖北散发食管癌人群和湖北正常人群在5A与非5A基因型上具有显著性的差异,同时根据分型的比例可估测其中5A5A基因型针对食管癌是易感基因型。
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