应用基因表达谱芯片筛选胰腺癌病人外周血单个核细胞的肿瘤相关基因

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目的:本文试图利用Affymetrix公司的基因表达谱芯片对胰腺癌病人PBMC的表达谱和正常人PBMC表达谱进行研究,筛选胰腺癌的肿瘤相关基因,为胰腺癌的临床诊断和治疗提供新的途径。 方法:收集5名胰腺癌病人和5名健康志愿者的外周静脉血并提取PBMC的总RNA,分别与含38500个基因的美国AFFYMETRIX公司HUMAN GENOME U133 PLUS 2.0ARRAY基因表达谱芯片杂交。杂交后进行图像扫描和数据分析。并使用real-time RT-PCR对部分筛查结果进行验证。其中OLFM4和MMP9使用的是普通TaqMan荧光探针,CCDC18使用的是TaqMan-MGB荧光探针。 结果:表达谱芯片结果显示,在10个样品中至少有一个“Present”的signal值的probe set有22000个。10个样品的signal值全部为“Present”的probeset有11160个,信号值取log10的值后,进行Student’s t test(two-taileddistribution;two-sample unequal variance),肿瘤组PBMC表达倍数在0.5倍以下和2倍以上的,且t检验p值小于0.01的probe set对应基因有10条,其中3倍以上表达的基因只有一条基因——MMP9,没有0.333倍以下表达的基因。在22000条基因中除去10个样品的信号值全部为“Present”的11160条probeset,剩下的10840条probe set中,发现了两条基因很可能成为新的肿瘤MARKER——OLFM4(NM006418)和CCDC18(NM206886)。 Realtime RT-PCR结果显示,OLFM4与MMP9在胰腺癌PBMC中呈上调表达趋势,而CCDC18在胰腺癌PBMC中呈下调表达趋势,这与芯片的结果一致。其中OLFM4在胰腺癌病人PBMC中明显高于正常对照组(P<0.05)。
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