长三角是中国经济发展速度最快、经济总量规模最大、最具有发展潜力的经济板块之一，然而随着经济发展的急速推进，人口急剧增加，长三角地区的生态问题也日趋严峻。在各省市政府的合力推动下，区域内的生态治理已取得一定成效，但从总体上来看，长三角区域内各地方政府仍然各自为政，地方政府集体的非理性导致区域生态合作治理陷入“囚徒困境”。本文首先以长三角区域内地方政府间的横向关系为切入点，围绕地区利益协调这一中心，阐述目前长三角区域生态治理的现状，归纳论证长三角区域生态治理面临的困境：地方政府协作理念差异化、地方政府协作体制分割化、地方政府公共政策碎片化等；然后具体分析造成这一困境的原因包括：压力型体制的制约、分割型体制的限制、缺失性保障机制的约束等。在结合国外成功治理区域生态问题的经验基础上，总结出德国、英国等西方国家成功治理水流域经验对我国区域生态治理的借鉴意义。最后，从优化政府职能、完善制度供给和建立协作的承载体等多角度求解长三角区域生态问题的解决之道。