新型农村合作医疗制度是党和国家为了切实解决占中国人口53.6%的农民群众的看病就医问题,防止因病致贫、因病返贫的重大决定,是一项惠及百姓的利好政策,对于提高农民健康水平,促进农村经济发展,维护社会稳定大局,加快建成小康社会、构建和谐社会都具有特别重要的意义。新农合基金是新农合制度的物质基础和的生命线,关系到每一位参合农民的切身利益。新农合基金的管理是新农合制度管理众多环节中最为关键的核心部分。十多年来,在党和政府的重视与关怀下,新农合基金这块“蛋糕”随着经济与社会发展被逐渐做大,其安全性、合理性引起了社会的普遍关注。通过搜索相关文献,不难发现,近年来,随着新农合基金不断积累,出现一些涉及新农合基金的违规违法现象,严重侵害了参合群众的利益,威胁到基金的安全。这既有个别人、个别单位利欲熏心的外部因素,又有制度体系中管理不规范等内部因素。从管理学角度而言,其中最为关键的是制度内部在管理流程、规范操作及执行力度缺陷等。同时,在基金管理中,安全性只是其中的一个方面,讨论基金安全问题,是以保证新农合基金发挥其应有的最大社会效益,达到群众满意、政府放心、社会和谐的目标为其背景和前提的。因此,如何在新农合基金合理地发挥最大的社会效益的基础上,保证其不受侵犯就成为摆在党和政府面前的一道必答题。本文从五河县在新农合基金管理中存在的问题入手,通过调阅五河县实施新农合政策以来关于基金管理、报销方案、患者就医流向等相关资料,访谈了新农合管理人员、具体承办人员及当地农民等手段,获取了许多可贵的原始资料,梳理出新农合基金从筹集、管理、支付等环节存在的问题及其表现形式,着重从制度性因素、补偿性机制因素、经济与社会发展因素、监管因素等方面,对新农合基金管理问题的成因和风险因素进行深入的剖析。查阅了德国、日本等国外农村医疗保障制度、国内职工医疗保障制度及其他地区新农合制度在基金管理方面资料,对相关制度的基金管理模式进行整理,总结出其成熟经验和成功做法,从中得到启示,吸收其有益的成份,结合我国实际情况,从立法、制度完善、技术、监管等方面,提出了解决五河县新农合基金管理问题的思路和建议,主要包括：建议从国家层面完善新农合法律规范；强调政府在基金管理中作用；合理配置医疗资源;提高基层医疗机构的服务能力；理顺各利益相关方之间的关系；规范分级诊疗,落实转诊制度；引入第三方参与管理及发挥社会监督力量等,对于一些具有普遍性的问题,在文中也作了相应的阐述,并针对性地提出解决思路。