小麦穗部性状和籽粒性状是由多基因控制的典型的数量性状。试验材料使用西农1718和98713杂交构建的RIL群体，结合BSA+660K方法，采用SSR标记对穗数，穗粒数，穗长，小穗数，不育小穗数，小穗密度，可育小穗密度等穗部性状，千粒重，粒长，粒宽，籽粒长宽比，籽粒面积，籽粒周长等籽粒性状进行QTL定位分析：
　　(1)对RIL群体的表型进行分析，发现环境影响小麦穗部性状和籽粒性状;但偏度和峰度值大多小于1.0，基本上符合正态分布，拥有较大的变异范围，存在双向的超亲现象属于典型的多基因控制的数量性状的特征。就穗部性状而言：小穗密度与穗长呈负相关，和小穗数呈显著正相关，和可育小穗密度呈极显著正相关，穗长和小穗数呈显著正相关。籽粒性状方面：千粒重与粒宽、粒长、籽粒周长以及籽粒面积共四个性状都呈显著正相关，但是籽粒长宽比却和千粒重呈显著负相关。穗部各个性状和籽粒的性状具有显著的相关性，但在不同的环境下穗部性状和籽粒性状的相关性存在差异。
　　(2)利用BSA+660K方法，筛选出多态性SNP标记数目和比例较高的3B、5B、6A染色体，缩小QTL的范围。进而筛选出来39对位于3B、5B、6A染色体上的SSR分子标记，对RIL群体中的184个家系进行基因型鉴定分型，并绘制了由39对SSR标记组成连锁图谱，图谱覆盖1075.00cM。
　　(3)使用39个多态性的SSR分子标记构建RIL群体的遗传连锁图谱，采用完备区间作图法(ICIM)定位小麦穗部、籽粒相关性状QTL位点。共检测到位于3B、5B、6A小麦染色体的39个QTL。共有9个区域同时控制两个或两个以上的穗部、籽粒性状，形成QTL簇。