由于政府对“大众创业、万众创新”的鼓励和支持,孵化器企业作为国家战略的载体,近几年呈井喷式发展。随着与政府关系的变化、私有资本的介入,促使孵化器企业由事业单位的性质转变为企业性质,由公益性组织转变为经济性组织,由非盈利性组织转变为盈利性组织。孵化器企业如何助力我国创新创业发展、如何有效利用政府财政支持、如何实现自身盈利等成为重要话题。但是学术界仍然缺乏对孵化器企业更为深入的研究,无法为孵化器企业的发展提供强有力的理论支撑。此外,现有对孵化器企业的研究大体从组织、产业集群、社会网络三个视角,具有一定的局限性。因此,本研究从商业生态系统视角出发,以网络编配能力为中介变量,探索孵化器企业生态系统健康对协同创新绩效的影响机制,具有较高的理论价值和实践价值。为了揭示孵化器企业生态系统健康对协同创新绩效的影响,本研究以孵化器企业理论、商业生态系统理论、网络编配能力理论与协同创新绩效理论为基础,在现有研究成果的基础上,构建了生态系统健康、网络编配能力和协同创新绩效关系的研究模型,并进行了理论和实证研究。本研究采用调查问卷和实地访谈获取样本数据,面向国内孵化器企业共收集有效问卷306份,运用SPSS24.0和AMOS23.0进行了实证分析和检验统计分析,从而验证了生态系统健康与协同创新绩效的关系,以及网络编配能力在孵化器企业生态系统健康影响协同创新绩效过程中所起的中介作用。实证结果表明,除生产率对关系绩效没有直接正向影响外,孵化器企业生态系统健康及其生产率、鲁棒性、利基创造力三个维度对协同创新绩效均具有显著的正向影响。此外,在商业生态系统视角下,孵化器企业生态系统健康及其维度会通过网络编配能力的中介作用影响协同创新绩效。其中,网络编配能力在生产率与关系绩效的关系中发挥完全中介作用,其它均发挥部分中介作用。本研究的结论有助于揭示孵化器企业生态系统健康对协同创新绩效的内在影响机制,对于孵化器企业的管理具有重要意义,为增加整个系统输出提供理论指导。同时,也有助于弥补该领域的研究空白、丰富该领域的理论知识,具有重要的理论意义。