研发费用加计扣除作为税收激励政策之一,对科技行业的发展起着极为重要的作用,而我国医药制造业作为技术密集型产业,能够造福国民健康,特别是新型冠状肺炎疫情爆发以来,该行业更是受到了前所未有的关注,但从该行业的发展现状来看,我国医药制造业的研发投入以及经营水平仍与发达国家存在明显差距,而如何更好的利用研发费用加计扣除政策提升我国医药创新投入水平、提高我国医药行业经营绩效水平还有待进一步探索。在此背景下,本文将在现有文献研究的基础上,以市场失灵理论和税收激励理论为依托,分析政策对于医药制造业创新发展的作用机制,在全方位考察研发费用加计扣除政策演化脉络和医药制造业发展现状之后,本文分别建立了研发投入模型以及经营绩效模型来衡量加计扣除政策的影响力度,两个多元线性回归模型均以上市医药制造公司为研究对象,以加计扣除优惠力度为自变量,且分别以研发强度和综合经营绩效指标（净资产收益率）为因变量,通过OLS模型对研发费用加计扣除和企业研发投入与经营绩效之间的关系进行了回归分析后,结果显示现阶段研发费用加计扣除政策能够显著促进医药制造业研发投入规模和经营绩效的提升,这说明当前的优惠政策具有一定的激励作用。在此结论上,本文又进行了拓展性研究,发现研发费用加计扣除政策和企业研发投入与经营绩效之间存在明显的倒U型关系,但当前政策优惠力度与倒U型曲线最大值处所对应的优惠点仍有很大距离,说明我国当前加计扣除政策的优惠力度对医药制造业研发强度和经营绩效的提升还有更大的激励空间,此部分拓展性分析丰富了当前的研究规模。针对以上研究结果,本文认为,在继续加大加计扣除优惠力度的基础上,政府未来要合理设置加计扣除优惠政策内容,比如设置梯度扣除标准和梯度研发贷款机制等,而医药制造业则要通过积极吸引人才、提高研发资金管理水平等措施来主动提升经营创新水平,唯有政府与企业共同努力,科学合理地设置以及运用加计扣除政策,才能够有效防止政策效果进入倒U型曲线右侧,只有这样,我国医药制造业的创新投入水平、经营水平才会获得提升。