【摘 要】
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汤普森被毛孢Hirsutellathompsonii是一种能够造成螨虫流行病的真菌。目前，该菌已有两个菌株(MTCC3556和MTCC6688)已知核基因组数据，但是该菌的线粒体基因组仍未见报道，从而限制了研究人员对其进化过程的理解。本研究利用高通量测序技术，首次注释并报道了汤普森被毛孢的全线粒体基因组。该基因组编码2个rRNA基因(rnl和rns),27个tRNA基因，14个编码氧化磷酸化系统中
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汤普森被毛孢Hirsutellathompsonii是一种能够造成螨虫流行病的真菌。目前，该菌已有两个菌株(MTCC3556和MTCC6688)已知核基因组数据，但是该菌的线粒体基因组仍未见报道，从而限制了研究人员对其进化过程的理解。本研究利用高通量测序技术，首次注释并报道了汤普森被毛孢的全线粒体基因组。该基因组编码2个rRNA基因(rnl和rns),27个tRNA基因，14个编码氧化磷酸化系统中功能蛋白的基因以及3个独立开放阅读框(orf783,orf359和orf437)。通过转录组测序分析确定了大多数保守基因的正常表达，并发现线粒体基因中存在‘共转录’模式：一些相邻基因与它们的基因间区共转录，一些内含子的开放阅读框与其相应宿主基因的上游外显子序列共转录。系统发育分析确定了汤普森被毛孢隶属于线虫草科。通过比较五个不同来源的汤普森被毛孢菌株，发现其线粒体基因组大小不同(60.3-66.4 bp)。造成这种差异的主要原因是各菌株线粒体基因中内含子数量的差异。五株菌株中共发现15个内含子位点，其中11个内含子位点存在于所有菌株中，另外四个内含子位点存在于部分菌株中。通过在线BLAST分析发现，这些内含子可能是从其他与汤普森被毛孢同目甚至同属的真菌中水平转移而来，而那些共有的内含子位点可能在汤普森被毛孢从近缘种明尼苏达被毛孢分化而来时就已经存在。那些有存在与缺失差异的内含子位点在进化过程中各发生了1-2次获得或丢失事件。另外，本研究还发现一些内含子存在退化现象。例如，虽然5株菌株中均存在cob-i2，但ARSEF1947及MTCC6688中的这一片段比其他菌株中长2.1kb；rnl-i2、cox-i2完全失去了用于编码内含子ORF的序列；通过BLASTN分析发现cob-i4序列可以编码归巢内切酶，但该序列没有完整的ORF。总体来说，本研究除了报道汤普森被毛孢全线粒体基因组外，还对汤普森被毛孢线粒体基因组的进化进行了初步探索。
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